In Ninety-Nine Nights zullen spelers de rollen aannemen van een zevental strijders die het zelfde conflict vanuit verschillende perspectieven aanschouwen. Het verhaal speelt zich af rond de gespleten Osamu steen die de machten van het kwaad over de wereld verspreid. Het is minder duidelijk wie er nou kwaad en wie er nou goed is en een oorlog staat op uitbarsten. Met elk karakter concludeer je de verhaallijn op een eigen manier. Zo zul je met de mooie Inphyy wraak moeten nemen op de Goblins voor het verslaan van haar familie, maar zul je op jouw beurt als de Goblin Dwingvat wraak moeten nemen voor de wreedheden die Inphyy loslaat op de Golbins. Alles steekt in elkaar en zal uiteindelijk tot een verassende conclusie komen. Wie is er gecorrumpeerd door het kwaad en wie niet? Wie zit er nou eigenlijk achter die mysterieuze 99 dagen van duisternis die het land heeft getroffen?
Natuurlijk gaat het verhaal als de gameplay begint op een laag pitje en zul je met razendsnelle combinatieaanvallen, die zullen uitgroeien tot indrukwekkende salvo’s aan machtige aanvallen, als je in ervaring groeit. Door het verzamelen van de vijandelijke levensenergie zul je ook kunnen sparen voor aan speciale aanval, die je voor een korte tijd een spectaculaire aanval laat uitvoeren. De vijanden die je hier mee verslaat laten speciale energie los waarmee je een ultieme aanval op kunt roepen, die alles in zicht zal vernietigen. Duizenden vijanden tegelijk zullen zich door jouw zwaard of ander wapen, afhankelijk van het karakters, naar de andere wereld laten helpen. Gedurende het spelen zul je nieuwe wapens en voorwerpen vinden die je helpen in je strijd tegen het kwade.
