In Splinter Cell Conviction is Sam Fisher niet langer de supergeheime meestercommando die voor Third Echelon de vrijheid van de Verenigde State van Amerika waarborgt. Na zijn uitstapje in Double Agent is Sam vertrokken naar zonnigere oorden en lijkt hij zijn leven te kunnen slijten zonder nog het vuile werk van de overheid op te hoeven knappen. Maar zijn verleden achtervolgt hem, zijn vriend en ex-collega Anna Grimsdotter zit in de problemen en zoals elke goed vriend, keert hij terug naar Amerika om haar te helpen. Teruggekeerd bij zijn voormalige werkgever, blijk alles mis gegaan te zijn wat er mogelijk scheef kon lopen. De NSA is veranderd in een bureaucratische instantie waar de er voor de legendarische Sam Fisher geen ruimte meer is. Tegen al zijn gevoel in moet Sam Fisher de rug keren tegen de organisatie die hem heeft gevormd en onder last van verraad wordt hij vanaf nu gezocht door alle Amerikaanse overheidsinstellingen terwijl hij zijn onschuld bewijst en een complot onthuld waar al zijn ex-collega’s in betrokken zijn.
Deze nieuwe Splinter Cell stapt af van het militaristische ‘dodelijk commando met nachtvisie’ imago dat de serie voorheen had en gaat dieper in op de persoon Sam Fisher en een manier van sluipen die iedere voortvluchtige zich eigen moet maken; het open daglicht en publieke omgevingen. Sam zal dan ook zijn kleding en uiterlijk aangepast hebben om minder op te vallen terwijl hij het complot ontrafelt in diverse locaties in de wereld. Hij zal zich niet verdacht moeten gedragen en onder andere kunnen schuilen onder de hoed van zijn trui. Hoewel Sam niet langer de technische en organisatorische ondersteuning heeft van Third Echelon, zal hij zonder gadgets en geavanceerde wapens nieuwe contacten moeten maken voor informatie en menig maal zijn brute kracht en vuisten moeten gebruiken. Hiervoor heeft Ubisoft een speciaal systeem ontwikkeld dat alle omgevingselementen interactief maakt. Ook heeft Sam een zesde zintuig voor het opsporen van personages die hem kwaad willen doen, om deze vervolgens discreet uit de weg te ruimen of te ontsnappen.
