Halo Wars neemt de spelers mee als commandant van de Spirit of Fire, een UNSC (United Nations Space Command) Phoenix-class kolonieschip aangepast voor gebruik door het leger, dat voor het eerst contact maakt met de Covenant op de planeet Harvest. Het verhaal speelt zich dan ook af voordat de gebeurtenissen van de eerste Halo titel plaats vonden. Met de hulp van de kunstmatige intelligentie Serina zul je de legers aan UNSC soldaten, Warthogs, Scorpions en meer moeten gebruiken om de aanvallen van de Covenant te overleven. Ook zullen avontuurlijke commandanten mysterieuze Forerunner technologieën kunnen gebruiken om hun legers te helpen. Ook zullen speciale karakters hun eigenschappen kunnen toepassen om je tactieken meer te sterken, makkelijk te gebruiken dankzij een speciaal aangepast besturingssysteem.
Online kunnen gamers met zes spelers online de strijd aan gaan en kiezen tussen de UNSC of Covenant troepen om te kijken wie er de beste strategieën en aanvalstactieken bezit. Door slim samen te werken en plannen te maken zul je snel de bovenhand voeren over de tegenstanders die hun troepen aan het bouwen zijn. De bekende eenheden uit de Halo serie, plus nieuwe eenheden, zullen hun entree maken en je zul onder andere de gigantische Covenant Scarab aanvalstanks moeten bevechten met land en luchtvoertuigen.
