In Undertow wordt de wereld aangevallen door buitenaardse wezens die voornamelijk in water leven. Ze verrassen ons en smelten onze poolkappen, waardoor onze planeet bijna volledig onder water loopt. De mensheid is vrijwel uitgeroeid, maar enkele overlevenden groeperen zich om de planeet terug te krijgen en de chaos te herstellen. Met huidige technologie gaan deze ‘Iron Marines’ het water op om te vechten met de monsterlijke buitenaardse zeewezens. Zonder dat de buitenaardse of de overlevende mensen partijen dit weten zijn er echter nog twee partijen die naar de macht proberen te grijpen. De inwoners van Atlantis, ingevroren in de laatste ijstijd, zijn vrij en willen hun planeet terug en de inwonende van een onderwater Utopia waar vrijwel niemand vanaf wist onder leiding van Captain Nemo ziet een eigen wereld ook wel zitten. Wie grijpt de macht?
In vijftien verschillende levels moet de speler in de single- en coöperatieve campagne uitmaken wie de macht krijgt over de gewilde aarde. Het doel is de vijand te vernietigen en level-specifieke goals te behalen of zo lang mogelijk te overleven. Speelbaar zijn drie verschillende rassen; de Iron Marines, Nemoidians en Atlantians, met hun vier unieke, opwaardeerbare eenheden. Zo zullen er eenheden zijn die groot en sterk zijn, maar ook eenheden die vooral snel een wendbaar nodig zijn in de tactische strijd. Naar mate je speelt zul je de pakken van de verschillende klassen maximaal drie maal op kunnen waarderen. De multiplayermodi zijn met 16 man te spelen en met de ‘Conquest’-achtige gameplay verdienen spelers punten met het vermoorden van vijanden, behalen van teamdoelen en door checkpoints te veroveren.
