Deus Ex: Invisible War speelt zich af 20 jaar na het eerste deel. De wereld begint zich te herstellen van een grote depressie. Daar maken verschillende politieke en religieuze groeperingen gebruik van, door een wereldwijde regering op te stellen die hun agenda waar moet maken. Dit kan de mensheid voor altijd veranderen, jij komt aan bod om de wereld te redden. Net als in deel één, kan je jezelf doormiddel van biotechnische upgrades, sterker en slimmer maken. In dit tweede deel gaan deze upgrades nog verder zijn voorganger. Denk bijvoorbeeld aan een optie om door muren te kijken of gigantische sprongen te maken.
Het spel draait vooral om keuzes. Je zult moeten kiezen hoe je wilt spelen. Keiharde actie, of is sluipen meer je ding? Dit is geen normale first person shooter, meer een adventure roleplaying game. Je zult dan ook veel dialogen moeten voeren, waar vele ethische kwesties naar boven zullen komen. De speler krijgt veel vrijheid om op zijn, of haar, eigen manier te vorderen in het spel.
