In Operation Flashpoint: Elite speelt zich af in 1985, tijdens de einddagen van de Kuode Oorlog. De nieuwe Russische president Gorbachev is verkozen als de nieuwe leider van Amerika’s oude vijand en deze zorgt voor nieuwe regelgeving. Niet iedereen in de voormalig Sovjet Unie neemt genoegen met deze stap naar een gematigder beleid. De tegenstanders van Gorbachev’s Perestrojka en Glasnost nemen dan ook een eilandengroep over en maken hieruit een gewapend fort en prediken het terugkeren naar de communistische gedachte van de Sovjet Unie. Uiteraard moet er iets gedaan worden aan deze bron van onrust, die elk moment kan exploderen tot een burgeroorlog. De speler zal dan ook een soldaat speler die zich aansluit bij de Amerikaanse gevechtsmachten die de rebellen onschadelijk proberen te maken. In totaal zal Operation Flashpoint: Elite bestaan uit twee campagnes. De hoofdcampagne, hier boven beschreven, genaamd ‘Cold War Crisis’, maar ook de vrij te spelen (ontgrendelbare) voorafgaande gebeurtenissen genaamd ‘Resistance’, waar de speler als een andere soldaat zal meemaken hoe het zo ver komt.
De speler heeft niet alleen 30 verschillende handwapens tot zijn beschikking, maar ook 40 echt bestaande Amerikaans een Russische voertuigen die hij kan bereiden. Ook zul je in de 15 solomissies van ‘Cold War Crisis’ commandant kunnen zijn van je eenheid via een makkelijk te bedienen systeem en hiermee de vier oorlogsgebieden van 100 vierkante kilometer makkelijk kunnen navigeren en uitkammen. Als je uitgekeken bent op de 15 standaard en 18 extra missies van Resistance, dan kun je je eigen missies in elkaar zetten met de missie-editor of je maten online uitdagen over Xbox Live. Hiervoor zijn standaard 50 missies beschikbaar en uiteraard in het tegen staan van realisme.
