In Psychonauts stap je in de schoenen van Raz een jonge student in the Kunsten van de Geest. Raz is in staat met zijn wilskracht en gedachten verschillende dingen te doen, bijvoorbeeld objecten verplaatsen (telekinesis) en het onderzoeken van iemands psyche. Uiteraard wil Raz met deze gaven trainen om een volwaarde 'Psychonaut' te worden, een persoon die met zijn psychische krachten de wereld helpt, en in zijn training zal hij verschillende stages moeten doorlopen. Hij zal verschillende mensen hun hoofd moeten onderzoeken en deze genezen door daadwerkelijk bij hun fantasie naar binnen te stappen.
Bij verschillende gestoorde de mensen in hun geest, die meestal niet zo gezond is, (net als die van onze gemiddelde forumleden - grapje), ben je overgeleverd aan hun fantasie en angsten, en zul je moeten vechten tegen datgene dat in hun hoofd de overhand heeft. Zo zul je in het hoofd van verschillende gekken proberen het element te vinden wat deze mensen gestoord maakt, en dit te verslaan met behulp van Raz zijn andere psychische krachten. Soms zijn de angsten en verstopte emoties gemanifesteerd in de geest in de vorm van een baasmonster, of soms in de vorm van een puzzel. Jij moet ze oplossen voor de persoon weer gezond is.
