In Perfect Dark Zero keren we terug naar de wereld van de geheime oorlogen en spionnen en leren we over het prille begin van Joanna Dark’s carrière als superspionne. Een geheime oorlog woedt tussen duistere corporaties die niets anders willen dan totale controle over de wereld. Joanna Dark en haar vader Jack zitten midden in deze gevaarlijke oorlog en raken betrokken in het gevecht waarbij zij de koers van de toekomstige wereld kunnen bepalen. Een routine premiejagers-missie loopt uit op het confronteren van de wereldwijde samenzwering die Joanna en de wereld zijn lot zal bepalen.
Spelers zullen uiteraard in de schoenen van de mooie jonge Joanna Dark stappen om de samenzwering tot een einde te brengen met futuristische wapens en voertuigen zoals jet-packs, hovercrafts en meer. Ook online kun je de vergaarde kunde toepassen. Zo zullen er 32 spelers tegelijk online kunnen spelen deathmatch en ‘Dark Ops’ speel modi. Deze laatste is een spelmodi te vergelijken met Counter-Strike, waarbij spelers door goed te presteren met hun team betere uitrustingen kunnen kopen. Ook kun je coöperatief die single-player campagne doorlopen over Xbox Live en natuurlijk via split-screen met je vrienden op de bank multiplayer spelen.