In de spel van Alias draait het verhaal uiteraard om Sydney Bristow, een CIA agente met een gave om problemen op te lossen. Als ze op haar dagje vrij wordt gebeld omdat mede CIA agent Jacobs wordt vermist zijn de rapen gaar. Sydney vermoed natuurlijk meteen het ergste en die vermoedens worden tijdens haar zoektocht bevestigd. Wanneer ze begint met zoeken in het Monte Carlo Casino komt ze al snel op het spoor van agent Jacobs. Hierna reist ze de hele wereld af om het mysterie van de verdwenen agent op te lossen.