In Pandora Tomorrow reist onze Sam af naar onder andere Parijs, Los Angeles, Jakarta, Dili, en Jeruzalem om daar in de jungle en steden de strijd met het terrorisme aan te gaan. Dit doet Sam vanzelfsprekend geruisloos en met de beschikking over zijn hitte en nachtvisie-apparatuur. Niet alleen dat, maar een heus assortiment aan interessante gadgets staan naast zijn eigen atletische eigenschappen tot zijn beschikking.
Behalve een aantal nieuwe bewegingen en wapens zal de belangrijkste toevoeging in Pandora Tomorrow de ondersteuning van Xbox Live zijn. In deel een kon je het extra levels Kola Cell en Vselka downloaden, maar in Pandora Tomorrow wordt het mogelijk zijn om coöperatief over Live te spelen! De modus wordt gespeeld met twee spionnen tegen twee terroristen. De spionnen zullen op Splinter Cell-achtige wijze de terroristen moeten omzeilen en een doelwit zien te bereiken, terwijl te terroristen in first-person cameramodus de spionnen proberen te vinden en uit te schakelen. Twee goed communicerende spelers zullen nodig zijn om het allemaal tot een goed einde te brengen.
Er zijn drie verschillende game modi in Pandora Tomorrow's online gedeelte te vinden. Neutralization Mode; waarin het objectief van de ShadownetTeam spionnen is om de chemische MD133k bommen onschadelijk maken of de bewakende Argus terroristen uit te schakelen. Terwijl de de terroristen logischerwijs de boel moeten bewaken en de spionnen proberen te elimineren. In Extraction mode gaat het er om dat de spionnen een aantal van de gevaarlijke MD133k capsules meenemen naar een veilig verzamelpunt, en de terroristen dit moeten voorkomen. In de laatste variatie moeten de spionnen modems plaatsen bij de MD133k capsules zodat deze van afstand onschadelijk gemaakt kunnen worden. De terroristen moeten vervolgens de capsules beschermen, de modems onschadelijk maken als ze geplaatst zijn en de spionnen te pakken krijgen.
