In Phantom Dust speel je de rol van een overlever der Apocalyps. De wereld is praktisch geheel vernietigd en de resterende bevolking moet gedwongen onder de grond leven. Jouw doel is het om naar boven te gaan en de waarheid achter het mysterie van de massale vernietiging te achterhalen. Op het oppervlakte is het echter niet meer zoals vanouds. Een mysterieus goede met de naam Phantom Dust zweeft rond in de lucht en geeft mensen superkrachten. Niet alleen dat, maar ook gemuteerde monsters verschansen zich in de overblijfselen van onze beschaving.
In een kleine 200 missies kan de speler verschillende eigenschappen voor zijn karakter verzamelen. Vervolgens kan hij deze online nemen om daar ook nog eens een aantal van de in totaal 300 eigenschappen te pakken te krijgen, door het spel van verschillende speelmodi tegen andere spelers online. Ook zal de speler nieuwe arena's ontgrendelen of deze eigenschappen kunnen ruilen met andere spelers. Niet alleen actie, maar ook strategie komt overduidelijk kijken in de gevechten in Phantom Dust, als je de verschillende eigenschappen op slimme wijze combineert.
