Red Ninja: End of Honor vind plaats in Japan rond het jaar 1500 waar een hevige machtsoorlog aan de gang is. Jij bent Kurenai, een vrouwelijke ninja, die elk lid van de Black Lizard Clan wil doodmaken om zich zo te wreken vanwege het verlies van haar vader, een machtig ninja. Die is om het leven gekomen tijdens een gevecht met de clan en daar was zijn dochter niet gelukkig mee. Met je Tetsugen, een revolutionair touw wapen wat je kunt bekijken op de officiële pagina, ga je de vijand te lijf. Een extra gave die Kurenai heeft is het ontwrichten van haar gewrichten waardoor ze zichzelf heel klein kan maken en zo kan ontsnappen uit kleine ruimtes en gevangenissen. Daarnaast bezit ze ook nog een arsenaal aan andere wapens waaronder blaaspijpjes, rookbommen en raketten. Naar mate het spel vordert zul je steeds sterker worden en meer vaardigheden ontwikkelen.
