Rogue Trooper wordt ontwikkelt door Rebellion, dezelfde ontwikkelaar die het middelmatige Judge Dredd heeft gemaakt. In het spel speel je een Genetic Infantryman (G.I.). Deze G.I. zijn gekloonde supersoldaten die worden ingezet om op Nu Earth te vechten tegen de Nort Republic. Dit is echter niet jouw missie, het team van G.I.’s waarmee je op een missie wordt gestuurd wordt totaal afgeslacht. Niet omdat de tegenpartij beter was, maar omdat ze verraden werden en in een hinderlaag werden gelokt. Jij bent de enige overlevende en uiteraard ga je proberen achter de persoon te komen die jou en je team in de val heeft gelokt.
Gewapend met diverse futuristische en experimentele wapens ga je op pad om achter de identiteit van de verrader te komen en met hem of haar af te rekenen. Naast je superieure wapens en lichamelijke conditie heb je ook de beschikking over de speciale vaardigheden van ej gestorven teamleden. Dankzij de bio-chips die in de kleding en accessoires zitten die je aanhebt kunnen je teamleden je bijstaan op moeilijke momenten in het spel als je eigen vaardigheden te kort schieten.
