In Batman Begins zal wederom de held van Gotham City spelen. Als de beroemde Zwarte Ridder zul je criminaliteit moeten bestrijden met angst, intellect en een heel arsenaal aan high-tech gadgets die je wellicht gezien hebt in de diverse Batman films. Zo zul je de Batarang en de Batgrapple kunnen gebruiken net als enkele nieuwe snufjes die Batman nu in zijn riem heeft zitten. Het is nu bijvoorbeeld ook mogelijk om via de Bat Transponder een zwerm vleermuizen op te roepen om de criminelen in hun broek te laten plassen van angst. Grote criminelen die Gotham City nu als thuisbasis hebben zijn onder andere Scarecrow, Ra's Al Ghoul, en Carmine Falcone. Jij zult als Batman de criminelen in diverse omgevingen moeten verslaan. Uiteraard in Gotham City zelf , maar ook in gebieden uit de film zoals een klooster in de Himalaya en het landhuis van Bruce Wayne.
De angst van criminelen wordt een speerpunt van Batman Begins. Je wordt in plaats van de opgejaagde de jager en kunt criminelen op allerlei manieren bang maken en opjagen. Leuker is het waarschijnlijk om zelf niet eens betrokken te raken in het gevecht en de criminelen op slinkse wijze tegen elkaar op te zetten. Het vechten zelf zal net als in de aankomende film gebeuren met absurde vechtstijlen en bewegingen, mede mogelijk gemaakt door hulp van de stuntcoördinator uit de film. Uiteraard kan Batman ook nog steeds met zijn blote vuisten goed werk verrichten. Als Batman niet te voet de criminaliteit bestrijdt dan rijd hij in zijn ultra hippe batmobiel, die dit keer alles in de omgeving kapot kan schieten en zelfs op de daken kan rijden.
Zoals gezegd zal Batman Begins de verhaallijn van de film volgen, die geschreven is door Christopher Nolan. Het script voor het spel is gemaakt door JT Pett, bekent van onder andere het script van Splinter Cell.