In de film animatiefilm Madagascar gaan een setje knotsgekke dierentuindieren er vandaar om hun wortelen op te zoeken. Een Alex de Leeuw, Melman het Giraffe, Marty de Zebra en een nijlpaard met de naam Gloria, elk met hun eigen maffe karaktertrekken beginnen de lange toch van New York Zoo naar het eiland Madagascar. In het spel volg je ook dit verhaal en zul je de verschillende natuurlijke eigenschappen van de beesten moeten toepassen om voorbij de nodige obstakels en vijanden herkenbaar uit de film te komen.
Het spel zal veel weg hebben van Activision's Shrek 2 titel en spelers zullen minigames, springpuzzels en scenario's uit de film naspelen in een guitig avontuur vol met grappen. In het spel is de leeuw de krachtpatser, met zijn brul en klauwen, is Gloria goed in het verpletten van alles en nog wat met haar gewicht, kan Melmo kokosnoten lanceren met zijn lange nek en is Marty de op en neer springende figuur, te vergelijken met de ezel uit Shrek 2. Ook zul je voor de verschillende karakters bonussen ontgrendelen naarmate je verder komt.
